Фамилия Юганзон — наглядный пример того, как географическое имя превращается в родовое прозвище, а затем в наследственную фамилию. Основа здесь — Юган, и это не личное имя, а гидроним: так называется крупная река в Ханты-Мансийском автономном округе, левый приток Оби. В языках ханты и манси «юган» означает просто «река», но для русского населения Приобья это слово стало именем собственным — река Юган. Фамилию могли получить переселенцы с этих мест или те, кто жил на её берегах и получил прозвание «Юган» или «Юганец».

Суффикс -зон — типичный для немецких и еврейских (ашкеназских) фамилий, образованных по модели «название места + -зон» (ср. Петерсон, Андерсон). В данном случае он указывает на происхождение: буквально «сын Югана» или «человек с Югана». Такая модель распространена в Прибалтике и среди немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Российскую империю. Поэтому носитель фамилии Юганзон — скорее всего потомок немецких или еврейских поселенцев, которые обосновались в Сибири или на Урале и взяли фамилию по месту жительства.

Есть и более редкая версия: основа Юган могла быть искажением мужского имени Йохан (Иоганн) в немецкой среде. Тогда Юганзон — это патроним, то есть «сын Йохана». Однако для немецкой традиции типично окончание -сон (Югансон), а -зон чаще встречается именно в топонимических фамилиях. Первая версия — с рекой Юган — выглядит убедительнее, особенно если учесть, что фамилия встречается в документах по Тобольской и Томской губерниям.

Фамилия редкая, не входит в число массовых русских фамилий. Её носители — это, скорее всего, потомки обрусевших немцев или евреев, которые ассимилировались в Сибири и на Урале. В современной России фамилия сохраняется в единичных случаях, что делает её своеобразным маркером локальной истории освоения Севера.