Основой фамилии Юханаева послужило церковное имя Юханай. Имя Юханай восходящего к имени Иван. Иван является библейским еврейским именем Iōḥānān, Iěhōḥānān, которое в буквальном переводе означает «будет помилован». Одним из покровителей этого имени считается Иоанн Креститель. Согласно Евангелиям, он является ближайшим предшественником Иисуса Христа, предсказавшим пришествие Мессии. Иоанн жил в пустыне аскетом, затем проповедовал крещение покаяния для иудеев. Также он крестил в водах Иордана Иисуса Христа и был обезглавлен из-за козней иудейской царевны Иродиады и её дочери Саломеи. По другой версии, фамилия Юханаева образована от прозвища Юханай, которое восходит к слову «юха», что означает «пролаз, бойкий, продувной парень». Однако у слова «юха» было еще одно значение: «мясной, рыбий навар, похлебка». Следовательно, прозвище Юханай мог также получить любитель мясной или рыбной похлебки, либо тот, кто хорошо ее готовил. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юханай, со временем получил фамилию Юханаева.