Фамилия Юнчиков — редкий случай, когда исходное прозвище почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с этнической или территориальной принадлежностью. В основе лежит слово «юнчик», которое в русских говорах, особенно на юге и юго-востоке, означало «калмык», «татарин» или любого выходца из степных народов. Слово это — производное от «юн» (или «юнь»), старого названия монгольского племени, которое влилось в состав калмыков. Соответственно, Юнчиком в XVI–XVII веках могли прозвать человека, внешне или по происхождению напоминавшего степняка, либо того, кто долго жил среди них и перенял обычаи.

Суффикс -ов в фамилии Юнчиков указывает на классическую русскую патронимическую модель: «чей?» — Юнчиков, то есть сын или потомок Юнчика. Само прозвище Юнчик образовано с помощью уменьшительного суффикса -ик, который в данном случае не обязательно придаёт ласкательный оттенок, а скорее фиксирует прозвище как устойчивое именование. В отличие от фамилий на -ин, которые тяготеют к основам на -а/-я, форма на -ов типична для прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где проходили границы русского и кочевого мира: Нижнее Поволжье, Дон, Оренбуржье, отчасти Сибирь. В этих местах прозвище Юнчик могло быть не оскорбительным, а бытовым, описательным — как, например, прозвища «Турок», «Немец» или «Черкас». Встречается фамилия и на Урале, что связано с переселением служилых людей и казаков в XVII–XVIII веках.

В ономастических справочниках фамилия Юнчиков не относится к числу широко изученных, но её механизм образования прозрачен и вписывается в общую модель русских фамилий от этнонимов. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Юнчиков отличается от более распространённой Юнкин именно суффиксом: Юнкин — от основы на -а (Юнка), а Юнчиков — от прозвища с суффиксом -ик. Это тонкое, но важное различие в словообразовательной модели.

Таким образом, предок носителя фамилии Юнчиков, скорее всего, получил прозвище за связь с нерусскими народами — либо по происхождению, либо по месту жительства или службы. Никаких следов дворянского или крестьянского сословия эта фамилия не несёт — она из числа тех, что родились в пограничье, где этническая пестрота была нормой.