Фамилия Юнтиков — редкий случай, где основа, скорее всего, не русская, а тюркская, хотя оформлена она по русской модели. Главный вопрос здесь — что стоит за корнем «Юнт-». Скорее всего, это искажённое или адаптированное тюркское личное имя или прозвище. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть корень «юн» (йүн), который означает «ладный», «путный», «хороший», «дельный». От него могли образовать имя Юнтай, Юнтик — как ласковое или уменьшительное прозвище для человека, которого считали толковым, добропорядочным. Суффикс «-ик» в тюркских языках часто придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок, как в именах Айдар — Айдарик, Булат — Булатик. Таким образом, Юнтик — это «дельный мальчик» или «ладный парень».

Русский суффикс «-ов» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Юнтиков, то есть сын Юнтика, потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа выбивается из славянского именослова. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был, скорее всего, крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, жившим в русскоязычной среде. Фамилия могла возникнуть в Поволжье, Приуралье или в южных регионах, где был тесный контакт русских и тюркских культур.

Встречается фамилия и в несколько ином написании — Юндиков. Это не ошибка, а результат диалектного произношения: в некоторых говорах «т» перед «и» смягчается до «ть», а затем переходит в «д» (явление, известное как озвончение или ассимиляция). Поэтому варианты Юнтиков и Юндиков — фактически одна фамилия, разошедшаяся в написании из-за разного восприятия звука на слух.

Сословная принадлежность предков неясна. Фамилия не из княжеских и не из дворянских, но и не крестьянская в узком смысле — такие «тюркские» фамилии в русской среде могли получить как служилые татары, так и вольные переселенцы или даже казаки. В любом случае, корень фамилии — не географический и не профессиональный, а личный: прозвище, которое дали одному конкретному человеку за его качества.