Фамилия Юненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых на территории Украины, изначально имел значение «маленький» или «сын такого-то». То есть Юненко — это буквально «сын Юны» или «потомок Юны». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (чей сын?), украинские фамилии на -енко фиксировали прямое родство и долгое время оставались фамилиями непривилегированных сословий, не закрепившись за дворянством.

Основа фамилии — имя или прозвище Юна. Здесь возможны два основных объяснения. Первое: Юна — это краткая форма от канонического имени Ювеналий (от латинского juvenalis — «юношеский»). В народном обиходе длинные церковные имена часто сокращали, и Юна могла быть уменьшительной формой наравне с Юней или Ювеналием. Второе, более вероятное, объяснение — прозвищное происхождение. В южнорусских и украинских говорах слово «юна» или «юный» означало «молодой», «юный». Прозвище Юна могли дать молодому человеку, подростку или, напротив, пожилому мужчине, который выглядел или вёл себя по-юношески. Такие прозвища по возрасту — частый случай в русской и украинской антропонимии, ср. фамилии Молодцов, Малолетов.

Географически фамилия Юненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко доминирует. В России она встречается реже, и её носители — почти всегда потомки переселенцев с Украины времён Российской империи. Примечательно, что у фамилии нет твёрдой ударной позиции: можно услышать и Юнéнко, и Юнéнко, хотя в украинской традиции ударение чаще падает на второй слог.

С точки зрения социальной истории, Юненко — фамилия казацкой или крестьянской среды. В реестрах Войска Запорожского или в метрических книгах XVIII–XIX веков она могла принадлежать как рядовому казаку, так и крепостному крестьянину. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для модели на -енко: она оставалась «демократичной» и не перешла в высшее сословие, в отличие от фамилий на -ский.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Юненков, Юнаков, Юнин — показывает, что русская версия (Юненков) добавляет суффикс -ов, адаптируя украинскую основу под великорусскую модель, а Юнин образована уже напрямую от имени Юна с помощью русского суффикса принадлежности -ин. Таким образом, Юненко — наиболее архаичная форма, сохранившая исходный уменьшительный смысл без дополнительных наслоений.