В основу фамилии Юхненко легло белорусское слово «юха», которое имело два значения - «родная кровь, порода» и «ярость». Возможно, что прозвище Юхна, образованное от этого слова и давшее начало фамилии, принадлежало кровному родственнику либо человеку буйного нрава. Согласно другой гипотезе, фамилия Юхненко произошла от польского jucha - «руда». В этом случае она указывала на род деятельности предка, работавшего на рудниках. Не исключено также, что фамилия образована от чувашского «юхан» – «беднеть приходить в запустение ветшать», имеющего и другое значение - «идти плавно, плывущим шагом». Наконец, существует версия, относящая данную фамилию к ряду еврейских и связывающих ее со словом yakhne, которое в переводе с иврита означает «назойливый человек, сварливая женщина». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Юхна, со временем получил фамилию Юхненко.