Фамилия Юнушкин образована от имени Юнуш — одной из народных форм имени Юнус. В основе лежит библейско-кораническое имя пророка Ионы (араб. Юнус, тюрк. Юныс, Юнуш). Это имя широко бытовало у татар, башкир, а также у других тюркских народов, исповедующих ислам. Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Юнуша» или «человек из семьи Юнуша». Такую модель — тюркское имя плюс русский патронимический суффикс — часто встречаем у крещёных татар или в среде, где русские и тюркские традиции смешивались.

В русском языке фамилия могла закрепиться через несколько поколений: сначала Юнуш — личное имя или прозвище, затем Юнушкин — как отчество, а позже и как наследственная фамилия. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ю́нушкин. Вариант с ударением на второй слог (Юну́шкин) встречается реже и может быть связан с местным произношением.

Географически фамилия привязана к регионам Поволжья и Приуралья — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Самарской областям. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир. В метрических книгах XIX века Юнушкины нередко записаны как государственные крестьяне или мещане — то есть предки не были ни дворянами, ни крепостными, а жили своим трудом.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму имени: Юнуш — это не просто сокращение, а местный диалектный вариант, который в официальных документах почти не встречается после 1917 года. Поэтому Юнушкин — живое свидетельство того, как в русской фамильной системе «законсервировалось» тюркское имя, которое в самой тюркской среде уже вытеснено литературной формой Юнус.