Основой фамилии Юнюшкин послужило имя Юнюшка. Имя Юнюшка может представлять собой производную форму одного из крестильных имен: Юний (в переводе с латинского означает «единый»), Иоанн (от древнееврейского «милость Божья») или Евгений (от греческого «благородный»). Существует также гипотеза, согласно которой фамилия Юнюшкин образована от прозвища Юнюшка, которое восходит к прилагательному «юный». Следовательно, Юнюшкой могли прозвать молодого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юнюшка, со временем получил фамилию Юнюшкин.