Фамилия Юнюшина — женская форма мужской фамилии Юнюшин. Её основа, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Юнюша. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Иоанн (в русском обиходе — Иван). Цепочка трансформации здесь нестандартная: от Иван через народные варианты вроде Иванюша или Ванюша, где начальное «И» могло редуцироваться, а «в» перейти в «ю» под влиянием диалектного произношения. В русских говорах, особенно северных и вятских, звук «в» перед гласными иногда заменялся на «й» или вовсе выпадал, что давало формы вроде «Юня» или «Юнюша» вместо «Ваня» или «Ванюша».

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду — «чей?» — «сын Юнюши». Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, так как -ин чаще закреплялся за семьями, где предок носил прозвище или имя на -а/-я. В официальных переписях XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались в основном у государственных и помещичьих крестьян.

Географически фамилия редкая. По данным современных справочников, Юнюшины встречаются в основном в Поволжье — в Кировской области, Удмуртии и Татарстане. Это совпадает с зоной бытования вятских говоров, где «юканье» (произношение «ю» вместо «в») было нормой. Возможно, предки носителей фамилии были выходцами из Вятской губернии, где имя Иван в местном произношении давало такие необычные уменьшительные формы.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «юнюха» или «юня»: в некоторых говорах так называли непоседливого, юркого человека, а в архангельских краях — даже разновидность рыбы. Но ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует такой основы, поэтому версия с производным от Ивана выглядит убедительнее. Спорных гипотез в литературе нет — фамилия настолько редкая, что её специально не разбирали крупные исследователи.

В написании фамилии стоит обратить внимание на безударную гласную «ю» в корне: при склонении она не меняется, что отличает Юнюшину от фамилий, образованных от «Юна» или «Юн». Встречается и вариант написания через «и» — Июнюшина, но это орфографическая ошибка, возникшая из-за неверного восстановления начальной буквы в документах.