Фамилия Юнюшин — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс. Модель образования редкая: в основе лежит не полное имя, а краткая форма, и суффикс не «-ин», а его усечённый вариант «-шин». Такое окончание характерно для фамилий, образованных от имён и прозвищ на мягкий согласный или на «-а»/«-я». Юнюшин — это тот же «Юнин», но с наращением «-ш-», которое часто появлялось в русских фамилиях для благозвучия (сравните: Гаврилов — Гаврюшин, Фомин — Фомушкин).

Корень «Юн-» восходит к имени Юний или Юна. В русском ономастиконе это редкое календарное имя, которое встречалось в святцах, но широкого хождения не имело. По одной из версий, имя Юний — латинского происхождения, от родового имени Junius (связано с Юноной, богиней брака). Но в народной среде такое имя почти не прижилось, поэтому фамилия могла возникнуть в церковной или семинарской среде, где детям давали «благозвучные» имена по святцам, не ориентируясь на моду.

Вторая, более прозаичная версия — прозвищная. В северных и сибирских говорах «юня» или «юнь» означало молодую поросль, молодняк, а также неопытного, зелёного человека. Фамилия Юнюшин могла закрепиться за молодым парнем, младшим в семье, или за человеком, который долго выглядел юношей. Суффикс «-уша» (Юнуша) — типичный для ласкательных имён в древнерусском, ср. Ванюша, Петруша, Митюша. От Юнуши и пошёл Юнюшин.

Географически фамилия тяготеет к центральной России и Поволжью. В дореволюционных переписях Юнюшины встречаются в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией нет — она явно простонародная, образованная не от громкого предка, а от домашнего прозвища или уменьшительного имени. Самый надёжный вариант происхождения: от церковного имени Юний через форму Юнюша — «сын Юнюши».