Основой фамилии Юнюшкина послужило имя Юнюшка. Имя Юнюшка может представлять собой производную форму одного из крестильных имен: Юний (в переводе с латинского означает «единый»), Иоанн (от древнееврейского «милость Божья») или Евгений (от греческого «благородный»). Скорее всего, основатель рода Юнюшкиных был человеком из простого сословия. Существует также гипотеза, согласно которой фамилия Юнюшкина образована от прозвища Юнюшка, которое восходит к прилагательному «юный». Следовательно, Юнюшкой могли прозвать молодого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Юнюшка, со временем получил фамилию Юнюшкин.