Фамилия Юнушкина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Юнушкин, образована от имени или прозвища. Разберёмся, откуда взялась эта основа.

Корень «Юнуш» — это, скорее всего, адаптированная форма тюркского или арабского имени. Самое прямое предположение — от имени Юнус, которое является кораническим аналогом библейского Ионы. В русской бытовой среде, особенно в Поволжье или на юге России, где веками жили татары, башкиры, казахи, имя Юнус могло звучать как Юнуш (с характерным смягчением или оглушением на конце). Тогда Юнушкин — буквально «сын Юнуса», то есть потомок человека, носившего это имя. Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: чей? — Юнушкин.

Есть и более редкая, но возможная версия: связь с диалектным словом «юнуш» (или «юныш»). В некоторых русских говорах так могли называть юркого, вертлявого человека, непоседу. Однако основа «Юнуш» встречается в фамилиях гораздо чаще, чем такое прозвище, поэтому версия с именем Юнус выглядит убедительнее.

С точки зрения географии, фамилия Юнушкина (и Юнушкин) — не столичная и не общерусская. Она тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к Нижегородской области, где исторически были татарские поселения. Это не дворянская фамилия — её носителями, скорее всего, были крестьяне или мещане, принявшие фамилию по отцу в XIX веке, когда массово закреплялись родовые имена.

В написании нет путаницы: форма «Юнушкин» — стандартная русская модель от тюркского корня, в отличие, скажем, от татарской «Юнусов», где суффикс «-ов» передаёт ту же принадлежность. Если встретите однокоренную фамилию Юнусов — это та же история, но с другим суффиксом, более характерным для тюркских народов. Юнушкин же — пример того, как восточное имя обросло чисто русским окончанием, прижившись в смешанной культурной среде.