Фамилия Юнышева — женская форма фамилии Юнышев, и её разговорный вариант с ударением на второй слог встречается чаще, чем литературный на первый. Словообразовательная модель здесь прозрачная: суффикс -ев указывает на происхождение от прозвища или имени, которое заканчивалось на мягкий согласный или -й. В основе лежит имя Юныш — уменьшительная форма от канонического имени Иуний (от латинского Junius, «юношеский»), которое было редким в святцах, но встречалось в крестьянской среде. Однако более вероятно, что Юныш — это не церковное, а мирское имя-прозвище, образованное от тюркского слова «юныш» (удача, успех) или от диалектного русского «юный» в значении «младший, молодой».

В Поволжье и на Урале, где фамилия встречается чаще всего, могла сложиться иная версия: от татарского «юныш» (потомок, отпрыск). В таком случае фамилия фиксирует родство по мужской линии — «чей?» — «Юнышев», то есть сын Юныша. Примечательно, что однокоренные фамилии (Юнышев, Юнышов, Юнышкин) почти не встречаются за пределами этих регионов, что указывает на локальный характер прозвища.

Сословная принадлежность носителей фамилии — в основном крестьяне и мещане. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Юнышевы записаны среди государственных крестьян Казанской и Уфимской губерний. Дворянских ветвей не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных имён без патронимического суффикса -ович.

С точки зрения ономастики, Юнышева — редкий случай, когда тюркская и славянская этимологии конкурируют на равных. Если первая версия верна, фамилия означает «удачливый»; если вторая — «молодой, младший». Точный ответ дал бы только исторический документ с именем первого носителя, но в любом случае фамилия не имеет отношения к «юнцу» в пренебрежительном смысле — это нейтральное прозвище по возрасту или качеству.