Фамилия Юнышев образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В основе лежит имя или прозвище Юныш. Это слово, скорее всего, является уменьшительно-ласкательной формой от редкого календарного имени Иуний (или Юний) — так звали одного из раннехристианских мучеников. В просторечии имя могло звучать как Юн, а форма Юныш — это «маленький Юн» или ласковое обращение к младшему родственнику.

Есть и другая, менее очевидная версия: основа юн- связана с прилагательным «юный». В этом случае Юныш — прозвище молодого, неопытного человека, возможно, младшего в семье или новичка в деле. Однако в русской ономастике прозвища от слова «юный» встречаются редко, чаще фиксируются отчества от крестильных имён. Поэтому первая версия — от имени Иуний — выглядит предпочтительнее, хотя прямых подтверждений в словарях, вроде работ Унбегауна или Веселовского, по этой фамилии нет: она довольно редкая и локальная.

Географически фамилия Юнышев тяготеет к Волго-Вятскому региону и Уралу. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии могли фиксироваться у крестьян и посадских людей, которые получали фамилию по имени отца или деда. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Юнышев, то есть сын или потомок Юныша. В социальном плане носители фамилии, скорее всего, были из среды черносошных крестьян или однодворцев — сословий, где фамилии закреплялись позже, чем у дворян, но раньше, чем у основной массы крепостных.

Стоит обратить внимание на написание: фамилия пишется через «ы» после «н», что характерно для русской фонетики, где «и» после твёрдого согласного переходит в «ы». Это не ошибка, а нормативное отражение произношения, которое закрепилось в документах. Встречаются варианты Юнышев и Юнышев — оба допустимы, но первый исторически более точен, так как основа «Юн» даёт именно «Юныш», а не «Юниш».