Фамилия Юнишев — редкая, и её разбор требует внимания к корню, а не к суффиксу. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих) указывает на принадлежность — «сын Юниша» или «из рода Юниша». Основа же неочевидна.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. Имя Юниш (вариант Юныш) могло быть производным от тюркского корня, связанного с понятием «удача, счастье» (сравните с татарским «уңыш» — урожай, успех). В этом случае значение фамилии — «сын удачливого» или «сын того, кто приносит урожай». Встречается такая основа у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Урала, откуда фамилия могла перейти в русскую среду через крещение или ассимиляцию.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с календарным именем. В православных святцах нет имени Юний (мужская форма от Юния), но в дореволюционной России изредка фиксировались редкие греко-латинские имена, которые могли трансформироваться в народном произношении. Однако письменных подтверждений массового бытования имени Юний в русских деревнях нет, поэтому тюркская версия надёжнее.

География фамилии сегодня — в основном юг России, Поволжье и Урал. В дореволюционных переписях Юнишевы встречаются среди крестьян и мещан, но без устойчивой привязки к одному сословию — это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде, где имя-прозвище давали по личному качеству или роду занятий, а не по сословному статусу.

Особенность написания — твёрдый знак в конце (Юнишевъ) встречается в метрических книгах XIX века, но в советское время закрепился мягкий вариант с -ев. Родственные фамилии — Юнышев, Юнусов, Унишев — могут иметь тот же корень, но с разными диалектными огласовками. Если ваша фамилия именно Юнишев, предки, скорее всего, жили в зоне тюркско-русского пограничья, а имя основателя рода означало что-то хорошее — удачу или успех.