Фамилия Юсупджанов — редкий пример сращения арабского имени с персидским титулом и русским патронимическим суффиксом. Её основа составная: первая часть — Юсуп (арабская форма библейского имени Иосиф, означающая «Бог приумножит»), вторая — джан, что в переводе с персидского значит «душа», «дорогой» или «любимый». В тюркских и иранских языках компонент «джан» часто добавляли к имени как ласкательное обращение или уважительное дополнение, превращая имя в нечто вроде «Юсуп-дорогой» или «душа Юсуп».

Формант -ов в конце — типичный русский суффикс принадлежности, который в XIX–XX веках массово добавляли к фамилиям народов Средней Азии и Кавказа при оформлении документов в Российской империи. Таким образом, Юсупджанов — это не столько прямая отчество, сколько русифицированная версия исходного составного имени Юсупджан, закреплённая в паспорте.

Географически фамилия почти наверняка восходит к Узбекистану или Таджикистану: именно там модель «личное имя + джан» особенно распространена у оседлого населения, говорящего на тюркских и иранских языках. Встречается она и среди таджиков, и среди узбеков, реже — у крымских татар. В России носители Юсупджановых — это, как правило, потомки выходцев из этих регионов, чьи предки получили фамилию при советской паспортизации 1930-х годов.

С точки зрения словообразования, это так называемая «гибридная» фамилия: в ней смешаны разносистемные элементы. Аналогов в русском ономастиконе немного — например, Ахмеджанов, Искандерджанов. Интересно, что двойное имя-прозвище (Юсупджан) могло изначально принадлежать не самому родоначальнику, а его отцу: в некоторых семьях «джан» добавляли к имени старшего мужчины, подчёркивая его статус или возраст. Тогда Юсупджанов буквально означало «сын (потомок) Юсупджана», где «джан» уже стало частью устоявшегося антропонима.

Встречается и более редкий вариант написания — Юсупджанов, где ударение падает на последний слог, что свойственно таджикскому произношению. В русской среде фамилию нередко коверкают, упрощая до Юсупов или Юсупов-Джанов, но исходная форма сохраняет память о двуязычной среде, в которой она родилась.