Фамилия Южалкин образована от прозвища Южалка. В её основе лежит суффикс -ин, один из самых распространённых в русской ономастике, который указывает на принадлежность к роду: Южалкин — «сын Южалки» или «человек из семьи Южалок». Сама основа, Южалка, скорее всего, происходит от слова «юг» или «южный». Прозвище могли дать человеку, который пришёл с южных земель, либо тому, кто по каким-то причинам ассоциировался с югом — например, торговал южными товарами или имел тёмный цвет кожи и волос, напоминавший южан.

Словообразовательная модель здесь необычна: суффикс -к- в прозвище (Южалка) придаёт оттенок уменьшительности или бытового именования, что типично для крестьянской среды. В отличие от более прямых фамилий вроде Южаков или Южнов, Южалкин звучит как производное от внутрисемейного или уличного прозвища, а не от официального географического указания. Это говорит о том, что носители фамилии могли быть выходцами из южных регионов России, например, из Черноземья или Поволжья, но уже к моменту закрепления фамилии они жили севернее, и прозвище сохранило память о миграции.

С точки зрения географии, фамилия редкая и локальная. Наибольшая концентрация Южалкиных — в центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где встречается и схожая фамилия Южаков. Возможно, Южалкины — ветвь более многочисленного рода Южаковых, но с характерным суффиксом, который закрепился в конкретной деревне. В дореволюционных переписях фамилия не относилась к дворянским или купеческим, а встречалась среди крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи.

Версия о происхождении от имени Южал, гипотетической краткой формы от Юрий или Евгений, маловероятна: в народном календаре нет таких сокращений, а связь с «югом» остаётся основным и надёжным объяснением. Таким образом, Южалкин — это фамилия-указатель на южное происхождение предка, закрепившаяся в узком регионе и не получившая широкого распространения.