Фамилия Забогонская — редкий случай, когда географическая точка отсчёта почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Она образована по типичной для шляхты и духовенства модели с суффиксом -ск-, указывающим на принадлежность к местности. Основа фамилии — топоним Забогонье или Забогоны. Такие названия встречаются в западнорусских и польских землях: деревня с корнем «бог» (Богонь, Богуны) плюс приставка «за-» означала селение за урочищем или рекой Богонь, либо за местом, связанным с языческим или церковным культом.

Если исходить из реалий XVI–XVII веков, носитель фамилии был либо мелким шляхтичем, владевшим застенком Забогонье (на территории современной Беларуси или Украины), либо священником, получившим фамилию при поступлении в семинарию по названию прихода. Второй вариант менее вероятен: духовные фамилии на -ский чаще образовывали от названий церквей (Преображенский, Успенский), а не от деревень.

Суффикс -ин- в окончании (Забогонская — женская форма; мужская — Забогонский) здесь отсутствует, что сразу снимает версию происхождения от прозвища Забогона — такого слова в русских говорах не зафиксировано. Единственное, что могло бы дать иную этимологию, — диалектный глагол «богонить» (суетиться, метаться) с приставкой «за-», но тогда мы бы ждали фамилию Забогонин, а не Забогонский.

Таким образом, фамилия Забогонская — классический «географический» отфамильный антропоним, который закрепился за потомками владельцев или жителей небольшого поселения. В дореволюционных метрических книгах её можно встретить среди мещан и однодворцев западных губерний, а в XX веке — в среде потомков польской шляхты, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток. Фамилия нечастотная: по данным современных телефонных справочников, основная масса носителей сосредоточена в Гродненской и Брестской областях Беларуси, а также в Краснодарском крае России.