Фамилия Зафранский — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс -ский. Он указывает на польское или западнорусское происхождение (шляхетское, мещанское или крестьянское, но сформированное под влиянием польской ономастической традиции). Такие фамилии обычно образовывали от названия местности: человек, владевший или живший в деревне, получал прозвание по её имени, а потом это прозвание закреплялось как фамилия.

Корень Зафран- скорее всего, связан с топонимом. В Польше и на западе Украины есть несколько населённых пунктов со схожей основой: Зафране, Зафранув. Само слово «фран» или «франа» в старопольском могло означать «свободный», «вольный» (от нем. frei), или же быть искажением имени Франц. То есть Зафранский — это «тот, кто из Зафрана» (деревни, расположенной за неким «франом» — за вольной землёй или за участком, названным по имени Франца).

Версия с польским шляхетским корнем правдоподобнее, чем попытка вывести фамилию из украинского или русского слова «зафранить» (в диалектах — загулять, закутить). Такое прозвище могло бы дать фамилию Зафранов или Зафраничев, но не Зафранский. Суффикс -ский в русской среде чаще встречается у дворян и духовенства, а в польской — у шляхты, даже мелкой. Поэтому предки Зафранских, скорее всего, были мелкими землевладельцами или крестьянами, чьё прозвание привязали к конкретному месту жительства.

Интересная деталь: фамилия редкая. В современных базах данных она встречается точечно, преимущественно в западных областях России (Брянская, Смоленская) и в Беларуси. Это подтверждает её западнорусское происхождение. Если искать аналоги, то ближайшие — Зафранов (от прозвища) и Зафранский (от топонима), причём второй вариант явно старше по модели образования.