Фамилия Загафаров — одна из тех, где за русским суффиксальным оформлением стоит нерусская, скорее всего тюркская, основа. Если снять типичный русский патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Загафаров, то есть сын Загафара), в корне остаётся имя Загафар. Это один из вариантов арабского имени Закария (Захария в библейской традиции), которое через тюркское посредство (татарское, башкирское) приобрело форму Зәкәрия, Загафар или Закир. В арабском оригинале имя означает «вспоминающий Бога» или «помнящий», что даёт фамилии ясную религиозную окраску.

Географически фамилия Загафаров наиболее характерна для татар и башкир, особенно в регионах Поволжья и Приуралья — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаемость фамилии невысокая, что указывает на её локальное происхождение: вероятно, она пошла от одного конкретного рода или семьи, где имя Загафар было популярно. В русских переписных книгах XVI–XVII веков подобные фамилии фиксировались у служилых татар и башкир, переходивших на русскую службу и получавших земельные наделы. Загафаровы могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями мусульманского духовенства, поскольку имя связано с пророком.

Интересная деталь — написание фамилии через «а» во втором слоге (Загафаров, а не Загуфаров или Закиров) выдаёт особенности местного произношения: в некоторых тюркских диалектах звук «ә» (близкий к русскому «а» между мягкими согласными) передаётся именно как «а». Это отличает фамилию от более распространённой Закиров, образованной от того же корня, но через другую огласовку. Таким образом, Загафаров — не просто «сын Загафара», а маркер конкретной диалектной и родовой традиции.