Фамилия Загафров — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — не русское слово, а личное имя, точнее, его диалектная форма. В основе лежит арабское имя Загафар, которое восходит к «Загфар» (زعفران) — «шафран». В тюркских языках, особенно у башкир и татар, имя Загафар (иногда Закир, Загир) бытовало как вариант Закира или Загира, но с характерным чередованием звуков. Имя Загафар могло означать «победоносный» или «тот, кто помнит» (от арабского «закир»), хотя прямая связь с шафраном также не исключена: в мусульманской культуре шафран — символ избранности и чистоты.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: Загафров — «сын Загафара». Такие фамилии массово возникали в XVI–XIX веках у крещёных татар, башкир, а также у народов Поволжья и Приуралья, переходивших в православие. При крещении им давали русские имена, но в быту и документах нередко фиксировали исходное тюркское или арабское имя, добавляя -ов или -ев. Так появились фамилии Загиров, Закиров, а Загафров — их менее частый фонетический вариант.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану, Оренбургской и Челябинской областям. Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, носители происходят из одного или нескольких селений, где имя Загафар передавалось по мужской линии. Других версий — например, связи с русским словом «загар» или прозвищем — нет: это типичный случай ошибочного сближения, поскольку ударение в фамилии падает на второй слог (Зага́фров), а корень «гаф» не имеет славянской этимологии.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться с вариациями: Загафаров, Загофаров, изредка Загафров. После 1917 года написание стабилизировалось, но из-за редкости фамилии её носители нередко сталкиваются с искажениями в документах — например, заменой на Захаров или Загайнов. Таким образом, Загафров — это памятник межэтнического контакта: арабское имя, тюркская среда и русская фамильная форма.