Фамилия Загагуля — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось, превращаясь в фамилию. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому она застыла в форме, близкой к исходному слову. Такое оформление характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где прозвище часто переходило в фамилию без дополнительных приращений (сравните: Гуляй, Непийвода, Забара).

Основа фамилии — «загагуля». Слово не встречается в современных словарях, но его структура прозрачна: приставка «за-» и корень, родственный глаголам «гагакать», «гаганить», «гагара». В русских говорах «гагара» — не только птица, но и прозвище долговязого, неуклюжего или крикливого человека. «Загагуля» могло означать того, кто «загагал» — затянул, закричал, запетушился, то есть человека с громким голосом или привычкой говорить без умолку. Возможна и звукоподражательная природа: прозвище могли дать за манеру речи, похожую на гогот или крик птицы.

Менее вероятна, но допустима связь с диалектным «гагуля» — так в некоторых областях называли петуха или индюка. В таком случае «загагуля» — человек, который «ходит как гагуля», то есть важничает, выступает горделиво. Однако первая версия — с акцентом на звук — кажется более естественной для прозвища, так как в народной ономастике чаще фиксировали особенности голоса, чем походки.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в единичных записях по Смоленщине, Брянщине, а также в Черниговской и Киевской губерниях по данным метрических книг XIX века. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии без суффикса в этих сословиях не редкость, в отличие от дворянских, где форма на -ов/-ин была нормой.

Поскольку фамилия редкая и не имеет устоявшейся орфографии, в старых документах можно встретить варианты Загагуля и Загагуля (с ударением на последний слог). В современном русском языке ударение чаще падает на последний слог, что сохраняет ритмику исходного прозвища.