Фамилия Загниборда — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не нуждается в расшифровке. Она из числа «говорящих» фамилий, образованных по модели глагол в повелительном наклонении плюс существительное. В ономастике такие конструкции называют «полуименами» или «императивными» фамилиями. Сравните: Убейсобака, Держиморда, Гуляйгород. Загниборода — прямой приказ или насмешливое пожелание: «загни бороду». Вряд ли это буквальное указание на действие; скорее, так дразнили неряху с неопрятной, свалявшейся бородой, которую не чесали и не мыли. Борода в крестьянском быту была символом мужской чести и зрелости, поэтому небрежное отношение к ней считалось постыдным. Прозвище закреплялось за человеком, который этим грешил.

Суффикс -а в конце фамилии — не окончание женского рода, а часть основы. В русском языке императивные конструкции часто застывают в форме единственного числа: «Загниборода», а не «Загнибороды». Фамилия склоняется по образцу существительных первого склонения: нет Загнибороды, иду к Загнибороде. Это нетипично для русских фамилий, которые обычно оканчиваются на -ов/-ев, -ин, -ский. Такая модель характерна для украинской ономастики, где «полуимена» встречаются гораздо чаще. В украинском языке есть схожие фамилии: Загнибіда (загни біду — «забудь беду»), Загниборода. В русских говорах эта модель тоже существовала, но была менее продуктивна.

Вероятнее всего, фамилия Загниборода имеет украинские или южнорусские корни. В списках Войска Запорожского и переписях Малороссии XVIII века встречаются носители похожих прозвищ. Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Харьковской областям, а также к прилегающим районам России (Курская, Белгородская области). Сословно предки, скорее всего, были казаками или крестьянами, поскольку прозвища такого типа редко встречались у дворянства, где фамилии образовывали от имён или географических названий.

Существует и менее правдоподобная версия, что в основе лежит не бытовое прозвище, а обрядовое имя-оберег. В древности детей могли нарекать неблагозвучными именами (Некрас, Нелюб, Загниборода), чтобы отвратить злых духов: мол, такого плохого ребёнка никто не позарится украсть. Но эта гипотеза слабая, потому что в русской традиции императивные имена образовывали не от глаголов со значением порчи, а от глаголов защиты (Уймигоре). Прямое указание на гниение — это всё-таки насмешка, а не оберег.

Фамилия сохранилась в редком, архаичном виде. Её носители сегодня могут встретиться в Украине и на юге России, но численно она остаётся малораспространённой. В отличие от фамилий типа Загнибеда, которые встречаются чаще, Загниборода — более редкий вариант, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.