Фамилия Загоненко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели с суффиксом -енко, который первоначально означал «сын» или «потомок» (ср. аналогичные Петренко, Шевченко). В основе фамилии лежит прозвище Загон. Нарицательное «загон» — это огороженное место на выгоне или пастбище, куда загоняли скот на отдых. Слово имеет чёткую производную структуру: от глагола «загонять» с помощью суффикса -ъ (современное -ø). Прозвище Загон могло указывать на род занятий: так называли пастуха или владельца скота, человека с большим хозяйством, который держал свой загон. Не исключён и бытовой вариант: прозвище могли дать крестьянину, чей надел находился рядом с загоном, или тому, кто постоянно возился с постройкой и ремонтом изгородей. В украинской традиции прозвища, связанные со скотоводством, нередки: достаточно вспомнить фамилии Загонов, Загонский, а также параллельные формы вроде Загонный. Суффикс -енко однозначно указывает на потомка человека по прозвищу Загон, то есть Загоненко — буквально «сын Загона». Такая модель была особенно продуктивна в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины в XVI–XVIII веках. Таким образом, предок носителя фамилии Загоненко скорее всего был пастухом или зажиточным хозяином, имевшим собственный загон для скота.