Фамилия Заиняев — редкий пример, где основа не лежит на поверхности и требует разбора по косточкам. На слух она кажется «неправильной»: нет привычного корня, который сразу узнаётся. Начнём с суффикса. Здесь он —ев, что указывает на отчество или прозвище, оканчивавшееся на мягкий согласный или —й. Значит, исходная форма — Заиняй.

Что такое «Заиняй»? Скорее всего, это прозвище. В русских говорах (особенно северных и сибирских) слово «заиня» или «заиняй» могло означать заику, человека с дефектом речи. Формант —яй в прозвищах (сравните с «бормотяй», «гуляй», «ломотяй») не редкость: он придаёт слову оттенок действия или свойства. Заиняй — тот, кто заикается. Так могли прозвать за характерную манеру говорить.

Есть и вторая, более редкая версия. В некоторых диалектах «заинять» значило «занимать», «брать взаймы». Тогда прозвище Заиняй могло относиться к человеку, который часто брал в долг. Но это предположение слабее: глагол «заинять» почти не сохранился в живой речи, а вот слово «заиня» в значении «заика» фиксируется в словарях.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, но встречается крайне редко. В дореволюционных переписях Заиняевы могли записываться как Заиняевы или, при ошибке писаря, как Заиневы. Сословно — почти наверняка крестьянская среда: прозвища по физическим особенностям давали в первую очередь в сельской общине, где каждый был на виду.

Интересная деталь: если бы фамилия образовалась от имени Заиня (гипотетическая форма от Захара или Иоанна), суффикс был бы —ин, а не —ев. Суффикс —ев здесь чётко указывает на прозвищную, а не на крестильно-именную основу. Так что этимология через заикание — самая правдоподобная.