Фамилия Закапаева — редкий пример фамилии, образованной от глагольной формы повелительного наклонения. В основе лежит прозвище Закапай, которое, скорее всего, происходит от глагола «закапывать». Вопреки первому впечатлению, это прозвище вряд ли указывало на профессиональное занятие, например, на земледелие или работу землекопа. Гораздо правдоподобнее, что Закапаем называли человека по черте характера: скрытного, замкнутого, необщительного, того, кто «закапывает» свои мысли и чувства в себе, предпочитает одиночество.

Модель образования фамилии — суффикс -ев, присоединённый к основе Закапай. Такие фамилии, созданные от прозвищ-императивов, встречаются в русском языке, но нечасто. Сравните с более известными фамилиями того же типа: Убирай, Догоняй, Стукай. Однако фамилия Закапаева стоит в этом ряду особняком: её основа менее очевидна для современного уха, а прозвище могло иметь ироничный или даже осуждающий оттенок.

Вероятнее всего, фамилия Закапаева сформировалась в крестьянской или мещанской среде, где прозвища были особенно живучи и точно отражали внутренние качества человека. Потомок того самого Закапая, скрытного и нелюдимого человека, со временем получил фамилию, которая закрепилась в роду как память о его характере. Других версий происхождения, например, от тюркских корней или географических названий, не обнаружено.