Фамилия Захарынькин — редкий пример того, как простое каноническое имя обрастает неожиданными суффиксами. В основе лежит крестильное имя Захарий (от древнееврейского «Зехарья» — «память Господня»), но путь к современной форме был не прямым, а через уменьшительно-ласкательную ступень.

Сначала от имени Захарий образовали народную форму Захарыня. Суффикс -ын(я) в русских говорах придавал имени оттенок ласки или принадлежности к младшему члену семьи (ср. Павел — Павлиня, Степан — Степаня). Затем к этой основе добавили фамильный суффикс -кин, который в ряде диалектов заменял более привычный -ин. Получилась цепочка: Захарий → Захарыня → Захарынькин. Буква «ь» перед суффиксом — не случайность, а след мягкого произношения конечного звука в основе Захарын(я).

С точки зрения модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России, где были распространены «домашние» формы имён на -ыня. В отличие от фамилий Захаров (прямое отчество от полной формы имени) или Захаркин (от краткой Захарка), Захарынькин указывает на прозвище-имя, бытовавшее в узком семейном кругу. Предок носителя, скорее всего, звался в деревне Захарыней — так могли называть младшего сына Захара или человека с мягким, покладистым характером.

Фамилия практически не встречается за пределами России и не имеет аристократических корней. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда в документах начали фиксировать не только прямые отчества, но и производные прозвищные формы. Её редкость объясняется тем, что цепочка «имя — уменьшительное — фамилия» с двойным суффиксом (-ын + -кин) оказалась менее продуктивной, чем простые варианты.