Фамилия Захарин образована от имени Захар — краткой формы канонического крестильного имени Захарий. В переводе с древнееврейского оно означает «радость» или «память божия». В отличие от более распространённых фамилий на -ов, которые обычно указывают на принадлежность отцу (чей? — Захаров), суффикс -ин в этой фамилии имеет ту же функцию, но прикрепляется к основам на -а или -я. Так что Захарин — это буквально «сын Захара».

Однако в основу фамилии легло не само имя, а его уменьшительная форма Захарец. В словообразовательной цепочке это выглядит так: Захарец → Захарин. Суффикс -ец здесь выполнял роль уменьшительно-ласкательного или указывал на младшего, «маленького Захара», то есть сына. Со временем прозвище Захарец закрепилось за человеком, а его потомки стали писаться как Захарины.

Такая модель — отчество с суффиксом -ин от имени на согласный, но через промежуточную форму — встречается реже, чем прямой вариант Захаров. Это делает фамилию Захарин интересной с точки зрения ономастики: она не просто указывает на отца, а сохраняет след прозвищного имени, бытовавшего в живой речи.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где суффикс -ин вообще более характерен, чем на юге и западе. В некоторых говорах форма Захарец могла звучать как Захарич, что дало бы фамилию Захаричев, но в случае с Захариным мы видим именно книжную, церковную фиксацию через суффикс притяжательности.