Фамилия Замаляускис — типичный пример балтийской модели фамилии, где суффикс -ис указывает на происхождение от прозвища. У балтийских народов прозвища часто вытесняли личные имена в быту и документах, и это отразилось на фамилии Замаляускис. В её основе лежит прозвище Замаляус, но его значение вызывает споры.

Первая версия связывает прозвище с русским глаголом «замалеть», то есть «робеть перед кем-то». В народе говорили: «Он шибко нос подымал, а вот замалел только с с приезда начальника». Однако эта гипотеза выглядит натянутой: русский корень в балтийской фамилии — случай редкий, и обычно такие заимствования объясняются контактами с соседними славянами.

Более правдоподобно другое объяснение: прозвище Замаляус происходит от эстонского слова sammal — «мох». В таком случае фамилия могла указывать на место жительства предка (например, у мшистого болота) или на его занятие (сбор мха для хозяйства). Суффикс -ус в прозвище — типичный для балтийских языков способ адаптации иноязычной основы, а окончание -ис в фамилии закрепило принадлежность к роду.

Фамилия Замаляускис встречается в основном среди литовцев и латышей, что подтверждает её балтийские корни. Сословных ограничений у неё не было: такую фамилию мог получить и крестьянин, и ремесленник. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта модель сохраняет следы более древней, дославянской традиции именования по прозвищу-характеристике.