У балтийских народов издревле существовала традиция давать человеку прозвище в дополнение к имени, полученному им при рождении. В большинстве случаев прозвища, изначально присоединявшиеся к именам, полностью вытесняли имена не только в повседневной жизни, но и в официальных документах. Фамилия Замаляускис имеет балтийское происхождение, на что указывает суффикс –ис. В основе фамилии лежит прозвище Замаляус. Согласно одной из версий, оно образовано от глагола «замалеть», т.е. «робеть перед кем-то». Существовало и выражение: «Он шибко нос подымал, а вот замалел только с приезда начальника». Однако более правдоподобной представляется другая гипотеза: прозвище этимологически связано с эстонским словом sammal – «мох». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Замаляус, со временем получил фамилию Замаляускис.