Фамилия Замойська — это женская форма фамилии Замойський, и её происхождение тесно связано с географическим названием. В отличие от множества фамилий на -ский, которые в Польше и на западнорусских землях образовывались от названий имений (дворянские «гербовые» фамилии), Замойська чаще всего указывает на конкретное место — город Замосць (Zamość) на юго-востоке современной Польши. Основа фамилии — корень «зам-», восходящий к слову «замок» (крепость, укреплённое жилище). Суффикс -ськ- (в польском варианте -sk-) указывает на принадлежность или происхождение: «из Замосця» или «замосцкий».

В польской ономастике фамилия Замойский известна с XVI века и принадлежала магнатскому роду, владевшему Замосцем. Самый знаменитый носитель — канцлер Ян Замойский, основатель города. Однако фамилия Замойська (украинский фонетический вариант, характерный для Подолья, Волыни и Галичины) могла возникнуть не только у потомков шляхты, но и у крестьян или мещан, переселившихся из Замосця на восток. В XVIII–XIX веках, при переписях населения, многие жители западнорусских губерний получали фамилии по месту выхода — так появились Замойские, Замоские и Замойськие независимо от сословной принадлежности.

Особенность написания «Замойська» (с мягким знаком и буквой «й») выдаёт украинскую или белорусскую языковую среду. В русской традиции фамилия закрепилась бы как «Замойская» (через «о» и без мягкого знака), поэтому вариант с «сь» — маркер того, что предки носительницы жили на территории, где польский или украинский язык влиял на запись фамилий в метрических книгах. Если сравнивать с однокоренными — Замков, Замочников, Замковой — то Замойська стоит особняком: она не указывает на профессию или прозвище, а привязана к конкретному топониму, что делает её «географическим паспортом» рода.