Фамилия Заонегин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Заонегин связана с топонимом Заонежье: так называется район Северной Карелии, расположенный на Заонежском полуострове в северной части Онежского озера. Заонежье — одно из самых самобытных мест Карелии и русского Севера. Здесь проживали предки современных северных народов, сегодняшние саамы, вепсы, карелы. С 13 века из Псковско-новгородских земель стали переселятся русские. В 1478 году Заонежье в составе Новгородских земель присоединяется к Русскому централизованному государству, а к концу 19 — началу 20 века является самой густонаселенной территорией Карелии. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Заонега, со временем получил фамилию Заонегин. О точном месте и времени возникновения фамилии Заонегин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Заонегин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.