Фамилия Заонегин — яркий пример того, как географическое название становится прозвищем, а затем и фамилией, но с тонким смысловым сдвигом. В её основе лежит название реки Онеги, однако парадокс в том, что почти все носители этой фамилии не жили на самой Онеге. Объяснение простое: местных жителей там называли Онегиными, и фамилия Заонегин для уроженца тех мест была бы лишена смысла. Скорее всего, её получил человек, который переселился оттуда — «из-за Онеги», то есть пришлый с берегов этой реки.

Другая, не менее убедительная версия, связывает фамилию с топонимом Заонежье. Так называют обширный район на севере Карелии, расположенный на Заонежском полуострове в акватории Онежского озера. Это одно из самых самобытных мест Русского Севера, где веками жили саамы, вепсы и карелы, а с XIII века начали селиться выходцы из Псковских и Новгородских земель. В 1478 году Заонежье вошло в состав Русского централизованного государства, а к концу XIX — началу XX века стало самой густонаселённой территорией Карелии.

Именно в этом регионе, в Архангельской губернии, перепись зарегистрировала 117 Онегиных в Холмогорском уезде и ещё 9 — в Онежском. Большинство из них были лесорубами или работали на сплаве леса. Таким образом, фамилия Заонегин образована от прозвища Заонега, которое давали человеку, пришедшему из-за Онеги или из Заонежья. Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.