Фамилия Занегин — один из тех случаев, когда географический ориентир лёг в основу прозвища, а затем и фамилии, но в устной речи претерпел заметное искажение. Исходная форма, скорее всего, звучала как Заонегин — так в старину называли человека, жившего «за Онегой», то есть за рекой Онегой или за Онежским озером (Онего). В русских говорах предлог «за» и название водоёма сливались, а при быстром произношении гласная «о» в начале корня редуцировалась — «Заонегин» превратился в «Занегин». Это не единичный случай: похожим образом появились фамилии Замоскворецкий, Заволжский, Задонский, но в них утрата звука встречается реже.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Заонеги». Модель типична для северорусских фамилий, где основой часто служило прозвище по месту жительства. Если ваш предок носил прозвище Заонегин, то его дети и внуки уже записывались как Занегины — под влиянием живой речи и не всегда грамотного письма приказных людей XVII–XVIII веков.

Точную географию раннего бытования фамилии установить сложно: переписные книги Заонежья (Обонежской пятины) фиксируют множество местных прозвищ, но в документах XV–XVII веков форма «Занегин» почти не встречается — она явно поздняя, сложившаяся уже после закрепления фамилий у крестьян и мещан. В XIX веке носители фамилии рассеяны по северным и центральным губерниям, но заметного скопления не образуют.

Филолог Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные образования к группе «географических» — они указывают не на конкретное место рождения, а на общую территорию проживания рода. В случае Занегиных это обширный край вокруг Онежского озера и низовьев реки Онеги, где веками жили поморы, крестьяне и монастырские работники.

Встречается и альтернативное объяснение: от гидронима Занога (речка в бассейне Онеги) или от слова «занога» — заноза. Но эти версии слабее: во-первых, река Занога малоизвестна; во-вторых, прозвище Занога (заноза) давали человеку с колким характером, и от него пошла бы фамилия Заногин, а не Занегин. Фонетически переход «о» в «е» под ударением необъясним, тогда как сдвиг «Заонегин → Занегин» естествен для русской диалектной речи.

Таким образом, фамилия Занегин — это сокращённая память о предке, который жил «за Онего», то есть за большим северным озером. Она не относится к числу древних боярских или дворянских родов и не имеет громких исторических носителей, но зато хранит след живого народного произношения и привязку к одному из главных гидронимов Русского Севера.