Фамилия Занегин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе фамилии Занегин – название реки Онега или озера Онего. Скорее всего, фамилия Занегин представляет собой искажённую форму прозвища Заонегин, то есть житель Заонежья. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Заонегин, со временем получил фамилию Занегин. О точном месте и времени возникновения фамилии Занегин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Занегин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.