Фамилия Занегин — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка пережила искажение на слух. В её ядре лежит не имя и не ремесло, а гидроним — название Онежского озера или реки Онеги. Исходная форма, скорее всего, выглядела как Заонегин. Так в старину называли человека, жившего за Онегой, то есть в Заонежье — обширном крае на севере, за Онежским озером. Со временем предлог и корень срослись, а безударное «о» редуцировалось в «а»: Заонегин превратился в Занегин. Это типичная для северных говоров фонетическая потеря слога.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Заонеги». Прозвище Заонега давали пришлому человеку, который поселился по ту сторону Онеги. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от названий местности с предлогом «за»: Заречин, Заволокин. Но в случае с Занегиным мы видим не просто усечение, а народную перестройку слова, когда корень перестал осознаваться как составной.

География фамилии подтверждает версию: Занегины встречаются в Архангельской, Вологодской областях и Карелии — именно там, где Онега и Онего входят в топонимику повседневности. В центральных губерниях фамилия практически не фиксируется. Это дополнительный аргумент в пользу того, что предки Занегиных — выходцы из Поморья или Обонежья, возможно, рыбаки, лесорубы или крестьяне, чья жизнь была привязана к большому озеру.

Встречается и альтернативная версия, связывающая фамилию с рекой Занегой (притоком Онеги), но она менее вероятна: такой гидроним не зафиксирован в авторитетных справочниках, а форма Заонегин — прямая и логичная. Так что, если вы Занегин, ваши предки почти наверняка смотрели на Онежское озеро с противоположного берега.