В основе фамилии Занегин – название реки Онега или озера Онего. Скорее всего, фамилия Занегин представляет собой искажённую форму прозвища Заонегин, то есть житель Заонежья. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Заонегин, со временем получил фамилию Занегин.