Фамилия Заонегина — наглядный пример того, как географическое название становится родовым прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — топоним Заонежье, историческая область на севере Карелии, занимающая Заонежский полуостров и прилегающие острова в северной части Онежского озера. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Заонегин — «тот, кто из Заонежья», «заонежанин».

Заонежье — место древнее и самобытное. Здесь сходились пути финно-угорских племён (саамов, вепсов, карелов) и славян, которые начали активно осваивать эти земли с XIII века, приходя из Псковско-новгородских земель. После присоединения Новгорода к Московскому княжеству в 1478 году Заонежье вошло в состав Русского централизованного государства, а к концу XIX — началу XX века стало самой густонаселённой территорией Карелии. Жители этих мест славились как искусные плотники и рыбаки, а самобытная деревянная архитектура Заонежья (например, Кижский погост) известна на весь мир.

Прозвище Заонега, скорее всего, получил человек, который либо родился в Заонежье, либо, напротив, уехал оттуда и в новой местности получил «географическое» уточнение. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Заонегина встречается преимущественно в северных регионах России — там, куда могли мигрировать выходцы из Карелии. Встречается она и в написании через «о» — Заонегина, что лишь закрепляет связь с исходным топонимом.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, образованных от названий городов или рек (Москвин, Волгин), Заонегина отсылает не к конкретному населённому пункту, а к целому историко-культурному региону. Это сразу говорит о многом: предки носителя фамилии, вероятно, были связаны с Русским Севером, его суровой природой и богатой, во многом ещё не разгаданной историей.