Фамилия Заонегина восходит к топониму Заонежье: так называется район Северной Карелии, расположенный на Заонежском полуострове в северной части Онежского озера. Заонежье — одно из самых самобытных мест Карелии и русского Севера. Здесь жили предки современных северных народов, сегодняшние саамы, вепсы, карелы. С XIII века из Псковско-новгородских земель сюда стали переселятся русские. В 1478 году Заонежье в составе Новгородских земель присоединяется к Русскому централизованному государству, а к концу XIX — началу XX веков являлось самой густонаселенной территорией Карелии. Вполне вероятно, что основатель рода Заонегиных родился или долгое время жил в этом районе. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Заонега, со временем получил фамилию Заонегина.