Фамилия Занегина — яркий пример того, как географическое название становится личным прозвищем, а затем и фамилией. В её основе лежит не имя и не профессия, а местность, где жил предок.

Скорее всего, фамилия восходит к названиям реки Онега или Онежского озера. Исходная форма — Заонегина, то есть «житель Заонежья» (земли за Онегой). Со временем, в живой речи, сочетание «за Онегой» могло упроститься: приставка «за-» слилась с корнем, а безударная гласная «о» перешла в «а» — так и появилось звучание «Занега». Подобный переход (аканье и стяжение) характерен для северных и центральных русских говоров.

Есть и другая, более локальная версия. В Новгородской области существует деревня Занеги. В этом случае фамилия указывает не на обширный край, а на конкретное родовое гнездо. Предок мог получить прозвище Занега по названию родной деревни, а его дети уже стали Занегиными. Оба объяснения не противоречат друг другу: они лишь показывают разный масштаб географической привязки — от целого региона до одного селения.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Занегин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Занега. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Таким образом, носитель фамилии Занегина почти наверняка имеет корни на Русском Севере или в новгородских землях. Фамилия редкая, нераспространённая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — она чётко привязана к определённому региону и не «затерта» массовыми переселениями.