В основе фамилии Занегина – название реки Онега или озера Онего. Скорее всего, фамилия Занегина представляет собой искажённую форму фамилии Заонегина. Таким образом, ее мог получить житель Заонежья. Кроме того, в Новгородской области существует деревня Занеги. Вполне возможно, что основатель рода Занегиных был родом из этих мест. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Занега, со временем получил фамилию Занегина.