Фамилия Залегина — женская форма, а её основа — мужское прозвище Залега. Разбирая это прозвище, мы сталкиваемся с несколькими правдоподобными версиями, и все они связаны с глаголом «залегать». Первая, самая прямая: «залечь, запрятаться, завалиться». Так могли прозвать нелюдимого, скрытного человека, который предпочитал отсиживаться в стороне. Вторая версия — охотничья. В некоторых говорах охотника, который «залегал» в засаду на уток или другую дичь, называли «залежником». Отсюда до прозвища Залега — один шаг.

Есть и третья, менее очевидная линия. Она отталкивается от существительных «залежь» и «залежина». Здесь возможен языковой переход «ж» в «г» (чередование, встречающееся в говорах). «Залежь» — это и залежалый товар, и заброшенное поле, истощённое и покинутое. А «залежина» в псковских диалектах означала ямку, впадину в земле. В таком случае Залегой могли назвать и холостяка в возрасте (как «залежалый» товар), и человека, жившего у пустоши или в низине.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Залегин, то есть сын или потомок Залеги. Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия редкая, не имеет широкой географической привязки, но её корни уходят в народную речь, где одно слово могло описывать и характер человека, и его занятие, и место жительства.