Фамилия Залегин образована от прозвища Залега — по наиболее распространённой модели с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывал на принадлежность человеку: «чей?» — Залегин, то есть сын или потомок Залеги. Основа прозвища — глагол «залегать» или существительное «залега», которое в диалектах имело несколько значений. Самое вероятное: так называли человека, который жил за лесом, за логом (оврагом) или за другой природной преградой. В говорах Русского Севера и Урала «залегой» могли именовать того, кто поселился в глухом, отдалённом месте. Вторая версия: прозвище Залега давали лежебоке — от глагола «залегаться» в значении «долго лежать, лениться». Эта версия менее правдоподобна для фамилии, так как прозвища с явно отрицательной характеристикой реже становились основой для фамилий у крестьян, но полностью исключать её нельзя.

Суффикс -ин указывает, что фамилия сформировалась на территории, где был распространён так называемый «иный» патроним — в основном в северных и центральных областях России, в Поволжье. Фамилии на -ов/-ев в тех же краях тоже встречались, но Залегин — типичный представитель северной модели. Интересно, что у фамилии есть однокоренные варианты: Залегов, Залежных, Залесский. Все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами и окончаниями. Залегин — одна из более редких форм, не столь массовая, как, например, Залесов.

В писцовых книгах и ревизских сказках XVI–XVII веков фамилия Залегин не встречается часто — это говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами или однодворцами из центральных или северных губерний. В XX веке фамилия расселилась шире, но сохранила относительную редкость: Залегины встречаются в Вологодской, Кировской, Нижегородской областях, а также на Урале. Фамилия не была дворянской, не попала в родословные книги — это фамилия простого человека, прозвище которого закрепилось за его потомками.