Фамилия Зарниченко звучит на южнорусский и украинский лад — её выдают суффикс -енко и ударение, которое в большинстве говоров падает на второй слог: Зарни́ченко. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа плюс патронимический суффикс -енко (буквально «маленький», «сын»). В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине, в Слобожанщине и на юге России, в казачьих областях. Носитель фамилии — потомок человека, которого в миру звали Зарни́ца или Зарни́к.

Что стоит за основой? Самое прямое объяснение — прозвище Зарница. В говорах так называли утреннюю или вечернюю зарю, вспышку молнии без грома, а также блеск, отблеск. Человек мог получить такое прозвище за яркую внешность, вспыльчивый нрав или, наоборот, за то, что появлялся и исчезал внезапно, как зарница. Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит слово зарни́к — так в некоторых областях называли пожар или пожарище, а прозвище давали человеку, жившему на пепелище или имевшему отношение к огню.

Встречается и версия, связывающая фамилию с диалектным глаголом зарни́ть — «заряжать», «заряжать ружьё». В этом случае Зарниченко мог быть сыном мастера-оружейника или человека, который занимался снаряжением патронов. Однако эта гипотеза слабее: глагол редкий, а прозвищ от «зарницы» в ономастике известно больше. Филолог Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» относит образования на -енко к типично украинским и подчёркивает, что они часто возникали от прозвищ, а не от крестильных имён.

Фамилия нечастая, но не уникальная. Встречается в реестрах Запорожского войска и в метрических книгах Харьковской и Полтавской губерний XIX века. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и казаки. Дворянских родов с фамилией Зарниченко в Российской империи не зафиксировано. В современной России фамилия рассеяна, но заметна в Ростовской области, Краснодарском крае и в Крыму — то есть в регионах, куда в XVIII–XIX веках переселялись малороссийские казаки и крестьяне.