Фамилия Зерниченко звучит так, будто её обладатель родом с Украины или юга России. Суффикс -енко (вместо русского -ов или -ин) — верный маркер: такие фамилии массово закрепились в Поднепровье, Слобожанщине и на Кубани в XVII–XIX веках. Основой послужило слово «зерно» или прозвище Зерно.

Самая прямая версия: Зерниченко — потомок человека по прозвищу Зерно. В крестьянской среде прозвища часто давали по роду занятий или внешности. Зерном могли назвать мелкого, щуплого мужчину, либо, наоборот, того, кто торговал зерном или был зажиточным хлеборобом. Суффикс -иченко (от -ич + -енко) указывает на отчество: «сын Зернича», а Зернич — уменьшительная форма от того же Зерна. То есть цепочка простая: прозвище Зерно → патроним Зернич (Зернов сын) → фамилия Зерниченко.

Менее вероятная, но возможная версия — фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Зерничи или Зерновое. Такие топонимы встречаются в Черниговской и Полтавской областях. Тогда Зерниченко — «выходец из Зернич». Но для украинской традиции типичнее сначала прозвищная основа, а уже потом географическая привязка.

В отличие от фамилий типа Зернов (чисто русская модель) или Зернятко (более редкая), Зерниченко сохраняет уменьшительный оттенок. Это характерно для фамилий, которые фиксировали не самого родоначальника, а его сына или младшего родственника: Зерниченко буквально «маленький Зерно» или «Зернов внук».

Сословного барьера у фамилии не было. Зерниченко встречались и среди казацкой старшины, и среди крестьян, и среди мещан. В XIX веке фамилия активно фиксируется в метрических книгах Харьковской, Екатеринославской и Киевской губерний. После переселенческих волн конца XIX — начала XX века носители фамилии появились на Дальнем Востоке и в Сибири.