Фамилия Зерний — редкий пример, когда в основе фамилии лежит не крестильное имя и не профессия, а древнее мирское имя, напрямую связанное с зерном. В старину на всей территории Украины и в других славянских землях такие имена давали детям, не связывая их с церковным календарем. Называя младенца Зерном, родители вкладывали в имя пожелание счастья и богатства: зерно с древности было символом рождения, плодородия, бессмертия и вечного обновления. Считалось, что оно несет здоровье и защищает от зла.

В славянской традиции зерно играло роль мощного оберега. В свадебных обрядах оно охраняло молодоженов от порчи и сулило плодовитую жизнь и здоровое потомство. У сербов и хорватов, когда невеста входила в дом мужа, свекровь осыпала её пшеницей с пожеланием: «Сколько зерен пшеницы, столько тебе, невестка, Бог да пошлет счастливых детей!». Зерном защищали и дом, и скотину: в дни разгула нечистой силы двор обсыпали зерном, под порог закапывали освященную в Сочельник пшеницу, разбрасывали её по углам. В народном сознании зерно работало как амулет от любых болезней.

Сама фамилия Зерний образована по модели, типичной для украинских и южнорусских фамилий: к основе «зерн-» добавился суффикс -ий, указывающий на принадлежность или характерный признак. По сути, Зерний — это «тот, кто связан с зерном» или «сын Зерна». В исторических документах встречается прямое подтверждение: у С. Б. Веселовского записан Зерно Александр Захарьевич, костромской боярин, 1304 год. Эта запись показывает, что мирское имя Зерно бытовало в высших слоях общества уже в XIV веке, а значит, фамилия Зерний может уходить корнями в ту же эпоху.

Фамилия остаётся редкой. Её носители, скорее всего, происходят из украинских или южнорусских земель, где традиция мирских имён держалась особенно долго. В отличие от распространённых фамилий на -ов или -ин, Зерний сохранил прямую связь с древним прозвищем, за которым стоит целый пласт народных верований.