Фамилия Зернин — одна из тех, что образована напрямую от древнерусского мирского имени Зерно. В старину такие имена, не связанные с крестильными, были распространены во всех слоях общества, и родители давали их с пожеланием счастья и достатка. Зерно с древности воспринималось как символ плодородия, вечного обновления и здоровья, средоточие жизненной силы, поэтому имя это должно было принести своему носителю удачу и богатство.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зернин — это «сын Зерна» или «человек из рода Зерна». Модель образования проста и типична для русских фамилий, возникших от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-о. В этом Зернины схожи с фамилиями вроде Шишкин, Копнин или Молокин — все они образованы от бытовых имён, корни которых уходят в повседневную жизнь и народные верования.

В ономастических источниках есть важная деталь: С. Б. Веселовский в своём труде «Ономастикон» упоминает Зерно Александр Захарьевич, костромского боярина, жившего в 1304 году. Это одно из ранних документальных свидетельств бытования такого имени среди знати. Значит, фамилия Зернин могла возникнуть уже в XIV–XV веках, когда мирские имена активно переходили в родовые прозвания. Костромская земля — одна из вероятных территорий, где фамилия могла оформиться впервые.

Точное место и время появления фамилии у каждой конкретной ветви Зерниных установить сейчас сложно: процесс превращения прозвища в наследственную фамилию растянулся на несколько столетий. Однако то, что основа — древнее мирское имя — сохранилась в неизменном виде, делает Зерниных носителями живого свидетельства дохристианской славянской традиции именования.