Фамилия Зерничев строится по простой и прозрачной модели: основа «Зернич-» плюс фамильный суффикс «-ев». Этот суффикс в русских фамилиях означает принадлежность: чей? — Зерничев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Зернич. Сама основа, скорее всего, восходит к слову «зерно» или его производным.

Прямое значение прозвища Зернич — «тот, кто имеет отношение к зерну». В крестьянской среде это мог быть человек, ведавший зерном на общинном складе, либо мельник, либо тот, кто занимался разведением или продажей зерновых культур. Не исключено, что прозвище дали человеку с мелкими чертами лица или с особой приметой — родинкой, напоминающей зёрнышко. В ономастике такие «растительные» прозвища встречаются сплошь и рядом: Горохов, Пшеницын, Овсянников — все они образованы от названий злаков, и Зерничев вписывается в этот ряд.

Географически фамилия редкая. Она почти не встречается за пределами центральных и северных областей России, где суффикс «-ич» в прозвищах был более употребителен (сравните: Кузьмич, Ильич). В южных и восточных регионах чаще использовали форму «Зернов» или «Зерняев». Поэтому Зерничев — скорее всего, потомок человека из северных или среднерусских губерний, где бытовали отчества на «-ич» в бытовом общении.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с глаголом «зернить» (делать зернистым, крошить) или с диалектным «зерниться» — блестеть, искриться. Но это натяжка: для прозвища обычно брали более конкретный и понятный признак, а зерно — основа крестьянского хозяйства, давала и более устойчивую ассоциацию.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» аналогичные модели разбираются на примере фамилий от названий продуктов и растений: Зерничев, по всей логике, относится к той же группе, что и Зернов, но с другим суффиксальным оформлением, указывающим на конкретного предка по имени Зернич. В сословном отношении — это стопроцентно крестьянская фамилия, без дворянских или купеческих корней, что подтверждается её редкостью в старых родословных книгах.