Основой фамилии Зернюков послужило мирское имя Зерно. В старину нецерковное имя Зерно было очень популярно на всей территории России, во всех слоях общества. Вероятно, нарекая младенца именем Зерно, родители желали ему счастья и богатства, поскольку зерно издревле считалось символом рождения и плодородия, средоточия вегетативной силы, бессмертия, вечного обновления и здоровья. Фамилии, образованные от однокоренных именований, являются одними из самых древних. Веселовского записан Зерно Александр Захарьевич, костромской боярин, 1304 год. Суффикс -юк указывает на западно-украинское, белорусское или польское происхождение фамилии Зернюков. Фактически фамилия Зернюков представляет собой отчество второго порядка: Зернюков — сын человека по фамилии Зернюк и внук Зерна. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Зерно, со временем получил фамилию Зернюков.