Фамилия Зернюков — это отчество второго порядка, то есть «внучья» фамилия. Она означает: сын Зернюка, внук Зерна. Такую модель образования называют патронимом с суффиксом -ов, который присоединили к промежуточной форме Зернюк. А сама основа восходит к древнему нецерковному имени Зерно.

В старину имя Зерно было широко распространено по всей России, во всех сословиях. Называя так младенца, родители желали ему счастья, богатства и здоровья: зерно с древности символизировало плодородие, вечное обновление и бессмертие. Известен исторический носитель этого имени — костромской боярин Зерно Александр Захарьевич, упомянутый в 1304 году (по данным С. Б. Веселовского). Фамилии, возникшие от таких мирских имен, относятся к числу самых древних.

Суффикс -юк в основе Зернюк указывает на западнорусское, украинское, белорусское или польское происхождение. На этих территориях -юк был типичным уменьшительным или патронимическим суффиксом. Таким образом, сначала от имени Зерно образовали форму Зернюк («маленький Зерно» или «сын Зерна»), а затем от неё — фамилию Зернюков. Иными словами, предок носителя этой фамилии был внуком человека по имени Зерно.