Фамилия Зернюковы — это отчество второго порядка, которое означает «внук Зерна» и «сын Зернюка». Её основа — нецерковное имя Зерно, широко распространённое в древней Руси во всех сословиях. Называя так ребёнка, родители желали ему здоровья, богатства и плодородия: зерно с древних времён считалось символом жизни, вечного обновления и бессмертия. Имя это настолько древнее, что в труде С. Б. Веселовского упомянут костромской боярин Зерно Александр Захарьевич, живший ещё в 1304 году.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -юк. Он указывает не на великорусское, а на западнорусское, белорусское или украинское происхождение. Фамилии с этим суффиксом (Зернюк, Зернюков) типичны для территорий, находившихся под влиянием Речи Посполитой. То есть, хотя само имя Зерно было общерусским, модель образования фамилии выдаёт конкретный регион — скорее всего, современные Беларусь, Украина или западные области России.

Фамилия Зернюков — это отчество, прошедшее две ступени. Сначала от имени Зерно образовали фамилию Зернюк (сын Зерна), а затем от неё — Зернюков (сын Зернюка). Такая цепочка — «внук по отцу» — характерна для позднего этапа формирования фамилий, когда они уже закреплялись в крестьянской среде. Точное время и место возникновения фамилии сейчас установить сложно, но её структура и суффикс делают её ценным памятником славянской ономастики.