Фамилия Зернин — одна из тех, что образована напрямую от мирского имени, без участия крестильного святца. Её основа — нецерковное имя Зерно. В древнерусской традиции такие имена давали не случайно: называя ребёнка Зерном, родители желали ему здоровья, плодородия и достатка. Зерно с древнейших времён воспринималось как символ жизни, вечного обновления и средоточия жизненной силы, поэтому имя несло пожелание счастья и богатства.

Имена подобного типа были распространены на всей территории Руси и во всех сословиях — от крестьян до бояр. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксирован Зерно Александр Захарьевич, костромской боярин, упомянутый в 1304 году. Эта запись — одно из ранних свидетельств бытования имени, от которого впоследствии и пошла фамилия Зернин.

Модель образования прозрачна: к основе Зерн- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зерна). Такая модель типична для русских фамилий, возникших от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-о. В итоге Зернин — буквально «потомок человека по имени Зерно».

Интересно, что фамилия могла закрепиться и в ином контексте: в некоторых говорах «зерно» употреблялось как прозвище для человека маленького роста или, наоборот, для того, кто был «ядром» семьи, её опорой. Однако основная версия — происхождение от мирского имени — остаётся наиболее убедительной и подтверждённой историческими источниками.