Фамилия Зернина — одна из тех, что образована напрямую от личного имени, а не от прозвища или профессии. В её основе лежит нецерковное, или мирское, имя Зерно. На Руси такие имена, взятые из окружающей жизни, были распространены повсеместно и во всех сословиях — от крестьян до бояр. Родители, называя сына Зерном, вкладывали в это имя пожелание: чтобы он рос здоровым, крепким и жил в достатке. Зерно с древности символизировало плодородие, возрождение, бессмертие и вечное обновление — считалось, что имя передаст ребёнку часть этой жизненной силы.

Самый ранний известный носитель этого имени — костромской боярин Зерно Александр Захарьевич, упоминаемый в летописях под 1304 годом. Этот факт, зафиксированный в трудах историка С. Б. Веселовского, показывает, что имя бытовало в высших слоях общества задолго до того, как фамилии закрепились окончательно.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центральных областей: к основе Зерн- добавился суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Зернина — значит «дочь (или жена) Зерна», а в более широком смысле — «из рода Зерна». В мужском варианте фамилия звучит как Зернин. Поскольку фамилия ведёт происхождение от личного имени, а не от прозвища по занятию, её носители могли быть кем угодно — от землепашца до боярина, как тот самый Александр Захарьевич.