Фамилия Зародышкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка не связано с тем значением, которое первым приходит на ум современному носителю языка. Слово «зародыш» в современном русском языке прочно ассоциируется с эмбриологией, но в древнерусских говорах у него было совершенно другое, бытовое значение. «Зародышем» называли стог сена, скирду, а также начало покоса или первый скошенный ряд. Человек мог получить прозвище Зародыш за то, что работал на сенокосе, закладывал стога или жил у зародов — то есть был крестьянином, чей труд был неразрывно связан с заготовкой кормов.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Зародыш» добавили суффикс принадлежности -ин, который указывал на «сына Зародыша» или «человека из семьи Зародыша». Формант -ин характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или -ь (в данном случае — на шипящий, что вписывается в ту же модель). Если бы в основе лежало слово женского рода или прозвище на -а, фамилия звучала бы как Зародышев, но -ин чётко указывает на мужское прозвище.

Встречается фамилия крайне редко, преимущественно в центральных и северных областях России, где было развито сенное хозяйство и сохранилась старая диалектная лексика. В некоторых говорах «зародыш» имел и переносное значение — так могли назвать невысокого, коренастого человека, похожего на плотный стог. Эта версия менее вероятна, но не исключена: прозвища по внешнему сходству с предметами — распространённое явление.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает «сенокосную» версию. Зародов, Зароднов, Стогов, Скирдов — все они образованы от названий форм хранения сена или покосных работ. Зародышкин стоит в этом ряду, но отличается редким суффиксом -ышк-, который в прозвищах мог придавать уменьшительный или пренебрежительный оттенок, хотя в данном случае, скорее всего, просто фиксировал конкретный диалектный вариант слова «зародыш» вместо литературного «зарод». Таким образом, предки Зародышкиных были крестьянами, чья жизнь была тесно связана с сенокосом и уходом за скотиной.