Фамилия Зародыш — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, сохранило свою исходную, почти буквальную форму без типичных фамильных суффиксов. В русской традиции фамилии на -ыш обычно образовывались от прозвищ, данных по характерной внешности, поведению или положению в семье: Малыш, Голыш, Крепыш. Зародыш стоит в этом же ряду, но с более конкретным значением.

Слово «зародыш» в древнерусском языке имело два основных смысла. Первый — прямой, биологический: неродившийся ребенок, эмбрион. Второй, переносный — начало, основа чего-либо, первый росток. Прозвище Зародыш могли дать самому младшему, позднему ребенку в многодетной семье, которого родители называли «последышем» или «зародышем» в значении «тот, кто еще не вырос». В некоторых говорах слово «зародыш» также обозначало зачаток, первый побег растения — такое прозвище мог получить крестьянин, занимавшийся рассадой или огородничеством.

Версия о том, что фамилия образована от имени Зарод, не находит убедительных подтверждений. Имя Зарод не фиксируется в святцах и не было распространено на Руси. Гораздо правдоподобнее, что перед нами прозвищная фамилия, застывшая в именительном падеже без суффикса -ов или -ин. Подобные бессуффиксные фамилии встречаются в северных и сибирских регионах, где прозвища нередко переходили в фамилии напрямую: Сорока, Ворона, Борода.

С точки зрения социального состава, носители фамилии Зародыш в XIX веке были преимущественно крестьянами и мещанами. Фамилия не имеет дворянских корней и не встречается среди старых московских боярских родов. Это народное прозвище, закрепившееся за конкретным человеком и его потомками.

Сегодня фамилия Зародыш остается крайне редкой. Ее единичные носители зафиксированы в основном на юге России и в Поволжье, что может указывать на миграцию из центральных губерний. В отличие от фамилий вроде Зародышев или Зародышкин, вариант без суффикса — архаичная форма, сохранившаяся, скорее всего, благодаря тому, что в момент фиксации прозвище уже звучало как фамилия и не требовало дополнительного оформления.