Фамилия Зарубенков — из числа тех, что рассказывают о занятии или характерной черте предка, но с одной оговоркой: корень здесь не столько ремесленный, сколько бытовой, а иногда и вовсе прозвищный. Основа — «заруба» или «заруб». В прямом смысле зарубка — это метка на дереве, насечка. В старину так могли называть человека, который ставил зарубки на деревьях в лесу (например, для обозначения границ владений или пути), либо того, кто работал с топором — лесоруба, плотника. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «заруба» означала ссору, стычку, а «зарубный» человек — сварливый, задиристый. Тогда прозвище Заруба давали не по профессии, а по характеру.

Суффикс -енк- указывает на восточнославянское, скорее всего украинское или белорусское происхождение основы. В русской фамильной модели -енко обычно переходило в -енков при адаптации на великорусских землях. То есть исходная фамилия звучала как Зарубенко, а в документах или при переезде в центральные губернии её переоформили по стандартной модели на -ов. Таким образом, Зарубенков — это «русифицированный» вариант украинской или южнорусской фамилии.

Можно сравнить с однокоренными фамилиями: Зарубин, Зарубкин, Зарубский. Зарубин — самая частая, и она, как правило, происходит напрямую от прозвища Заруба. Зарубенков же встречается реже, и его редкость как раз и объясняется двойной трансформацией: сначала суффикс -енко, потом добавление -ов. Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались русские и украинские земли — Брянская, Курская, Воронежская области, а также к казачьим областям Дона и Кубани.

Версия о происхождении от топонима (населённого пункта вроде Заруб, Зарубино) возможна, но менее вероятна: для такой модели обычно характерен суффикс -ский (Зарубский). Если же предок был выходцем из села Зарубенки (гипотетическое название), фамилия могла закрепиться именно в такой форме, но это скорее исключение.

Сословно Зарубенковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (государственными крестьянами южных окраин). Дворянских родов с этой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано, что тоже косвенно подтверждает её «ремесленно-прозвищное» происхождение от человека с топором или от неуживчивого соседа.